Несмотря на преклонный возраст и участившиеся проблемы со здоровьем — за год, предшествующий своему 80-летию, патриарх пережил клиническую смерть и операцию на сердце, — кончина Алексия II вызвала множество кривотолков и домыслов, от гибели в ДТП до насильственной смерти. Распространению слухов способствовало окружение патриарха: причину смерти не называли в течение суток, а обстоятельства получили огласку лишь год спустя. Как выяснилось, Алексий II погиб, оступившись ночью в своих покоях и ударившись затылком об угол стула. Запертая изнутри двойная дверь с шумоизоляцией и отсутствие тревожной кнопки не позволили оказать ему своевременную помощь — тело было найдено только утром, когда Патриарх не вышел к завтраку.
Впрочем, слухами сопровождалась и земная жизнь Алексия II. Стремительную карьеру Патриарха (в миру — Алексея Ридигера, происходившего из дворянского рода фон Ридигеров, балтийских немцев, принявших православие в XVIII в.) в лоне православной церкви некоторые исследователи связывают с его вероятным сотрудничеством с КГБ в советские годы, когда он только начинал служить приходским священником в Таллине. В день смерти Алексия II BBC назвала его «министром иностранных дел церкви, который помогал скрывать репрессии против русских христиан, защищая советскую систему перед внешним миром».
Помимо этого Патриарха неоднократно обвиняли в политизации церковной жизни и приумножении церковного имущества — монастырей, приходов, семинарий и епархий, о чем красноречиво свидетельствовал звон колоколов более чем в 600 храмах Москвы, возвестивших о смерти 15-го предстоятеля РПЦ со введения на Руси христианства, а также президентский указ Дмитрия Медведева об участии правительства в организации и освещении похорон Алексия II.